Cilj znanstvenega področja ekonomika naravnih virov je usposobitev doktorandov za posebno področje znanstvenega dela v okviru ved o življenju, ki aplicirajo družboslovna znanja na področju pridelave in predelave hrane, proizvodnje lesa ter drugih blagovnih in neblagovnih dobrin, ki izhajajo iz naravnih, človeških in kapitalnih virov, vezanih na biološke in biotehniške procese. Poseben poudarek je dan proučevanju družbenih razsežnosti upravljanja z naravnimi viri in vlogi države.

Program želi predvsem usposobiti za poglobljeno empirično delo, zato se kandidati v okviru metodološkega temeljnega predmeta seznanijo z načrtovanjem raziskovalnega dela, z načini pridobitve in obdelave podatkov ter uporabo kvantitativnih in kvalitativnih metod. Metodološko znanje je mogoče poglobiti z izbirnimi vsebinami na področju operacijskih raziskav in multivariatnih statističnih metod ter posameznimi vsebinami v okviru drugih izbirnih predmetov.

Drugi temeljni predmet uvaja kandidate v posamezna ožja vsebinska področja, ki določajo predmet raziskovalnega dela. Predstavljeni so teoretični koncepti, raziskovalna vprašanja in pristopi. Gre za širok spekter različnih področij, med katerimi omenimo nove agrarnoekonomske paradigme, razvoj managementa proizvodnih procesov, študije potrošnih navad, pravna komparativistika, sektorsko matematično modeliranje, politološke in diskurzivne študije, ruralno sociološke odnose in drugo. Če se kandidat odloči, da bo izdelal nalogo iz enega od teh področij, je mogoče to znanje nadgraditi s podrobnejšimi izbirnimi vsebinami v okviru tega področja in z izbiro modulov s primerljivih doktorskih programov doma in v tujini.