Študentu naravoslovja znanstveno področje agroživilske mikrobiologije omogoča pridobivanje znanj o delovanju mikroorganizmov v agroekosistemih in v živilsko predelovalni industriji. Program ponuja najnovejša dognanja na področju od molekularne do okoljske mikrobiologije. 

V programu vam ponujamo znanja o sodobnih mikrobioloških metodah in tehnikah; strukturi in dinamiki mikrobnih genomov; o sociomikrobiologiji mikrobnih interakcij v modelnih in kompleksnih sistemih, kot so tla, vode, rastlina: mikrob, hrana, spoznate vlogo mikrobnih interakcij za obvladovanje škodljivih mikroorganizmov, pridobivanje novih biološko aktivnih molekul, razvoj biopesticidov in probiotikov; natančno spoznate strukturo mikrobnih biofilmov, molekularne značilnosti in uporabne lastnosti polimerov, ki povezujejo celice v biofilmu, razumete probleme in rešitve pri obvladovanju škodljivih biofilmov; spoznate postopke zagotavljanja varne ter mikrobiološko neoporečne hrane; program vam omogoča znanja, ki so ključna za sonaravno kmetijstvo zlasti uporabo najnovejših tehnologij za pridobivanje  energije iz agroživilskih odpadkov (metan, vodik), novejše biotehnološke rešitve za proizvodnjo bioetanola, biobutanola, mineralnih gnojil, uporabo bioremediacijskih tehnologij in novejših trendov pridobivanja prekurzorjev zdravil pri presnovi agroživilskih odpadkov.  Program povezuje pridelovalni in predelovalni vidik mikrobiologije v prehranski proizvodni verigi. Na ta način vam ponujamo celovit pogled na vlogo mikroorganizmov od proizvodnje do potrošnika pri pridelavi in predelavi zdrave in visoko kvalitetne hrane.